Katolik Kilisesi'ne bağlı bir mahkeme sistemi idi. Gerek kararları, gerek siyasi ve dini görüşleri nedeniyle dört büyük engizisyon adından çok söz ettirdi.


Orta Çağ Engizisyonu

Tarihçiler bu terimi, Psikoposluk (Episkopal) Engizisyonu (1184-1230'lar) ve daha sonra Papa Engizisyonu (1230'lar) dahil olmak üzere 1184'te başlayan çeşitli soruşturmaları tanımlarken kullanırlar. Bu soruşturmalar, Avrupa'daki Hristiyanlık için sapkın olarak kabul edilen büyük popüler hareketlere yanıt olarak başlatılmıştır.

13. yüzyılda, Papa IX. Gregorius (hükmü 1227-1241), soruşturma yürütme görevini Dominikan ve Fransisken Tarikatı'na verdi. Orta Çağ'ın sonlarında, İngiltere ve Kastilya, papal engizisyonu olmayan tek büyük batı uluslarıydı. Engizitörlerin çoğu üniversitelerde ilahiyat ve/veya hukuk öğreten rahiplerdi.

İspanyol Engizisyonu

İspanyol Engizisyonu ise Kastilya kraliçesi I. Isabella'nın ısrarı üzerine, Papa IV. Sixtus tarafından 1483 yılında onaylandı. Engizisyonun, Müslümanlarla Yahudilerin Hristiyanlaştırılması, Katoliklik dışındaki mezheplerin baskılanması, Osmanlı işgalinde oluşabilecek işbirlikçilere karşı koruma sağlanması gibi hedefler ile ilan edildiği düşünülmektedir.

Engizisyon dolayısıyla 200.000'e yakın Yahudi, 1492 yılında İspanya'yı terk etti, kalanlar ise büyük oranda Hristiyanlığı kabul etti, küçük bir azınlık ise kabul etmiş gibi yaparak Kripto Yahudiliği benimsedi. İspanya'dan sürülen Yahudilerin büyük çoğunluğu ilk başta Portekiz ve Kuzey Afrika'ya göç etti, ancak daha sonra Portekiz'den de sürgün edildiler. Aragon'dan sürülen Yahudilerin ise büyük çoğunluğu İtalya'ya göç etti. Bazıları da Osmanlı İmparatorluğu'na sığındı.

Granada'da ise Granada Antlaşması gereği Müslümanlara ilk yıllarda din özgürlüğü tanınmış olmasına rağmen, Müslümanlar tarafından çıkartılmış çeşitli isyanlar dolayısıyla halkın zorunlu Hristiyanlaştırılması başlamıştır. Granadalı Müslümanlara vaftiz olup Hristiyan olma, tutuklanarak tutsak edilme veya öldürülme ile ülkeden sürülme seçenekleri tanınmıştır. Böylelikle bölgedeki Müslüman nüfus neredeyse tamamen Hristiyanlaştırılmıştır. Ancak, Moriskolar olarak da adlandırılan bu grubun bazı üyeleri gizli bir şekilde İslam inancını korumuştur.

Moriskoların İspanya'nın çeşitli bölgelerinde isyanlar çıkartmaları, hala eski inançlarını korumalarıyla suçlanmaları ve Osmanlı Devleti ile işbirliği yaptıkları gerekçe gösterilerek çeşitli dönemlerde Kuzey Afrika'ya zorunlu sürgüne tabi tutulmuşlardır. Kripto-Müslümanların Engizisyon sonucu en son yargılanmaları 1727'de hafif cezalarla gerçekleşmiş olup, 18. yüzyılın sonlarında bu halkın tamamen asimile olduğu düşünülmektedir.

Roma Engizisyonu

Roma Engizisyonu, Roma Katolik Kilisesi'nin savunduğu öğretiyi korumak için Papa III. Paulus tarafından 1542'de kuruldu. Genel olarak Kalvenizm'e ve Luthercilere savaş açtı. Roma Engizisyonu, cadılık ve büyücülükle de uzun yıllar mücadele etti. Bir manastıra ya da piskoposun sarayına yerleşen engizisyon sorgucusu, daha sonra halkı kilisede toplayıp uzun vaaz veriyordu. Amaç, yerel halkla ilişkileri sıcaklaştırmak ve onların güvenini kazanmaktı.

Portekiz Engizisyonu

Portekiz'de 1532'de Diogo da Silva ilk genel engizitör tayin edildi, 1536'da da bir papalık fermanıyla İspanya modelinde engizisyon kuruldu. Ancak yine de üç yıl işler kanunla yürütülmüş, on yıl boyunca da müsadere yoluna gidilmemiştir. Papa Paul, yeni elçisine engizisyonu idare konusunda yetki verirken kral da kardeşini genel engizitör tayin ederek mahkemenin otoritesini güçlendirdi. İlk "auto da-fe" Lizbon'da 1540 yılında uygulandı. 1547'de engizisyonun bu ülkedeki kuruluşu tamamlandı; "auto da-fe"ler ve diğer cezalar yıldan yıla arttı. 1683'te Lizbon'da bütün Portekiz tarihinin en kötü gelişmelerinden biri olarak engizisyon, Hıristiyanlık'tan uzaklaşmakla suçlanan kimselerin çocuklarının ana babalarının ellerinden alınması ve Katolik inançları geleneğine göre yetiştirilmesi kararını aldı.