İkinci Meşrutiyet Dönemi'nde teşkilatın yapısında değişiklik yapılması ve gümrüklerin Umum Müdürlük şeklinde Maliye Vekaleti'ne bağlanmasından sonra, gümrüklerin bu teşkilat yapısı Cumhuriyetin ilk dokuz yılında da aynen sürdürülmüştür.

Ancak, Cumhuriyet dönemi gümrüklere sahip çıkılan ve gümrüklerle ilgili köklü tedbirlerin alındığı bir ayrı dönem olmuştur.

Cumhuriyet döneminin başlangıç yıllarında gümrük mevzuatı çeşitli kanun, kararname ve tefsirlerle oldukça dağınık bir uygulama içinde idi. Cumhuriyetin ilk dokuz yıllık döneminde, önce, müeyyide olarak yeterli bulunmasa da, 1126 ve 1510 sayılı Kaçakçılığın Men ve Takibine Dair Kanunlar yürürlüğe konulmuş; Yeni Gümrük Tarifesini hazırlamak üzere Bakanlar Kurulu Kararı ile bir komisyon kurulmuş ve sonuçta, spesifik sistemi esas alan 1.6.1929 tarihli 1499 sayılı ilk "Gümrük Tarifesi Kanunu" 1 Ekim 1929 tarihinde uygulanmaya başlanılmıştır. Böylece gümrük mevzuatı ilk defa bir bütünlük kazanmıştır. Bu Kanunun büyük bir bölümünü oluşturan "Gümrük İthalat Umumi Tarifesi Cetveli" Türkiye'ye getirilecek eşyanın her 100 Kg.ı üzerinden vergi alınmasını öngören bir düzenleme ile hazırlanmıştı.

Bugün yürürlükte olan ve vergilendirmede "Advalorem" esasını getirmiş olan "Gümrük Giriş Tarife Cetveli" ise, 14.5.1964 tarihli 474 sayılı Kanundur.

Tarife kanunlarından ayrı olarak yayınlanan ilk Gümrük Kanunu da 2.5.1949 tarihli 5383 sayılı yasadır.

1499 sayılı Gümrük Tarifesi Kanunu'nun 1.10.1929 tarihinden itibaren uygulanmaya başlanması ve gümrük resimlerinin de arttırılmış olması nedeniyle, kaçakçılık olaylarında da artışlar görülmüş ve kaçakçılık olayları güney sınırlarımızda büyük boyutlara ulaşmıştır.

Bunun üzerine, gerek gümrük hizmetlerinin daha iyi bir şekilde yürütülmesinin temini ve gerekse kaçakçılıkla mücadelede etkinlik sağlanması yönlerinden, bir dizi tedbirler alınması gerekliliği duyuldu. Bu tedbirler cümlesinden olmak üzere, 27 Temmuz 1931 tarihli 1841 sayılı Kanunla, güney sınırlarımızda, yarı askeri bir hüviyet gösteren Gümrük Muhafaza Umum Kumandanlığı kuruldu.

Bu tedbirler meyanında, Gümrük Teşkilatının idari yapısında da çok önemli bir değişikliğe gidilerek, 29 Aralık 1931 tarihli ve 1909 sayılı Kanun'la Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti kuruldu.

Ayrıca, 1917 sayılı kanunla Gümrük Muhafaza Umum Kumandanlığı ve 1989 sayılı kanunla da o tarihte Maliye Bakanlığına bağlı bulunanTekel İdare ve İşletmeleri, yeni kurulan Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'ne bağlandı.

Böylece, gümrükler 1861 yılında Rüsumat Emaneti organizasyonu adı altında doğrudan Sadrazamlığa bağlı olarak yönetilirken, Rüsumat Emaneti'nin 1909 yılında kaldırılarak Rüsumat Umum Müdürlüğü olarak Maliye Bakanlığı'na bağlanması uygulamasından, 22 yıl sonra vazgeçilmiş ve gümrükler, tekel idaresi ile birleştirilerek bir Bakanlık çatısı altında yeniden organize edilmiş oldu.

Yeni oluşuma gidilmesi nedeninin, kaçakçılıkla etkin bir şekilde mücadele edilebilmesinin yanında, gümrük ve tekel hizmetlerinin de en iyi bir şekilde yürütülmesinin sağlanması olduğunu, Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'nin kuruluş gerekçesinden anlıyoruz.. Sözüedilen gerekçede;

"Gümrük muamelatının aldığı hususi ehemmiyet, inhisar işlerinin kesbettiği vüs'at, kaçakçılık için alınacak ciddi tedbirler, btün bu işlerin Maliye Vekaletinin asli hizmetlerinden ayrı olarak tedvir ve takibinde Devlet için daha faydalı olacağından, mesaisini münhasıran bu veçhelere tahsis eden bir Vekaletin teşkili muvafık görülmüş ve maruz muamelatın layık olduğu iktisadi ve inzibati noktalardan da bu teşekkülün Devlet için menfaatli olacağı teemmül edilmiştir.Vekalet teşekkülü adı altında toplanan Gümrük ve İnhisar işlerinin tevhit ve merkezi nakli neticesinde bütçeye ayrıca bir külfet tahmil edilmiyeceği aşikardır. Bu maksat ve gereklerle Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti ünvanı altında ihdası faydalı görülen..." denilmektedir.

Kuruluştan dört yıl sonra Bakanlığın teşkilat ve vazifelerine dair kanun hazırlanmıştır. 2825 sayılı 9.10.1935 tarihli olan "Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'nin Teşkilat ve Vazifelerine Dair Kanun" hükümlerine göre, kuruluş sırasında Vekaletin ana hizmet birimleri Gümrükler Umum Müdürlüğü, İnhisarlar Umum Müdürlüğü ve yarı askeri görünümlü hüviyetteki Gümrük Muhafaza Umum Kumandanlığı'ndan oluşuyordu.

Vekaletin taşra teşkilatı ise, gümrük ve gümrük muhafaza kuruluşları ititbariyle Başmüdürlük, Müdürlük, Başmemurluk, Amirlik ve Memurluk şeklinde düzenlenmişti.

Diğer taraftan, aynı dönemde Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti Teşkilat ve Vazifelerine Dair 2/14153 sayılı Nizamname de yayınlanmıştır.

Bu arada, mevzuata yönelik yapılan çalışmalar da yürütülüyordu. Bu çalışmalar sonucunda, daha önce uygulamaya konulmuş olan 1510 sayılı kanuna göre daha ağır müeyyideler taşıyan, 1918 sayılı "Kaçakçılığın Men ve Takibine Dair Kanun" 1932 yılında yürürlüğe konuldu. Halen yürürlükte bulunan ve zaman içinde günün koşullarına göre çeşitli değişikliklere uğramış olan bu kanuna göre, kaçakçılık davaları tutuklu olarak devam eder, kaçakçılık suçlarından dolayı mahkumiyet halinde ceza tecil edilmez ve sürgün cezası uygulanırdı. Ayrıca, bu kanuna göre kaçakçılık davalarına bakmak üzere üç yıl süre ile özel ihtisas mahkemeleri de kuruluyordu.

Bu dönemde, kaçakçılıkla etkili bir şekilde mücadele edebilmek için Vekaletin personel politikası üzerinde de önemle duruldu.Teftiş ve tahkikatlar sırasında veya merkezde dosya üzerinde yapılan incelemelerde, çeşitli nedenlerle yetersizliği saptanan memurların, Vekalet Disiplin Kurulu Kararı ile memuriyetten ihraç edilmelerini hüküm altına alan ve kapsamı daha sonra 2350 sayılı kanunla genişletilmiş olan, 7 Ocak 1932 tarihli 1920 sayılı Kanun yürürlüğe konuldu.

Diğer taraftan, Cumhuriyet öncesi 1918 senesinde uygulamaya konulan Gümrük Kanunu, günün değişen ekonomik şartları karşısında yetersiz kaldığından, bu konuda da yapılan yeni çalışmalar sonucu hazırlanan tasarı kanunlaştı. 2 Mayıs 1949 tarihli 5383 sayılı olan bu kanun Cumhuriyet döneminin ilk Gümrük Kanunu'dur.

Bu dönemde, ülkemiz uluslararası gelişmeleri de yakından takip etmiş ve merkezi Cenevre olarak 1947 yılında kurulan ve 1948 yılında faaliyete geçen Gümrük Tarifeleri ve Ticaret Genel Anlaşması'na (GATT) (Bugünkü Dünya Ticaret Örgütü) katılınırken, merkezi Brüksel olarak 1950 yılında kurulan Gümrük İşbirliği Konseyi'nin (Bugünkü Dünya Gümrük Örgütü), ilk üyeleri arasında yer almıştır.

Uluslararası ticaretin kolaylaştırılması ve bu nedenle de ülkeler arasında gümrük uygulamalarının yeknesaklaştırılması bakımından, Gümrük İşbirliği Konseyi tarafından hazırlanan Nomanklatür ve Kıymet Sözleşmelerine, 7 Ocak 1955 tarihli 6449 sayılı Kanunla taraf olunmuş, yürürlükteki 5383 sayılı Gümrük Kanunu'nda yapılan değişikliklerle, spesifik tarife terkedilmiş ve kıymet sistemine dayalı yeni nomanklatür uygulanmaya başlanmıştır.

Gümrük mevzuatı ve tekniği konusundaki bu çalışmalar sürerken, 16 Temmuz 1956 tarihli 6815 sayılı Kanunla Gümrük Muhafaza Umum Kumandanlığı kaldırılarak, sınır, kıyı ve kara sularımızın muhafaza ve emniyeti ile gümrük bölgesinde kaçakçılın men, takip ve tahkiki görevi İçişleri Bakanlığı'na devredilmiş, ancak, gümrük kapılarıyla, gümrük teşkilatı bulunan hava ve deniz limanlarıyla, Marmara Denizi, Çanakkale ve Karadeniz boğazlarında ve bu yerlerdeki gümrük bölgesinde gümrük muhafaza vazifeleriyle, kaçakçılığın men, takip ve tahkik görevleri Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'ne verilmiştir.

Bu yeni duruma göre, Bakanlığın merkez ve taşra teşkilatının yapısı, 2825 sayılı "Gümrük ve İnhisarlar Vekaleti'nin Teşkilat ve Vazifelerine Dair Kanun"da, 6851 sayılı Kanun'la yapılan değişiklikle yeniden düzenlenmiş ve Gümrük Muhafaza Umum Kumandanlığı'nın yerini, merkezde Gümrük Muhafaza Müdürlüğü almıştır.

Öte yandan, 1972 yılında bir kamu iktisadi teşebbüsü olarak kurulan Çay İşletmeleri Genel Müdürlüğü de ilgili kuruluş olarak Gümrük ve Tekel Bakanlığı'na bağlanmıştır.

Daha sonra, 1975 yılında yapılan iç düzenlemelerle, merkezde şube müdürlüğü veya daire başkanlığı olarak faaliyette bulunan bazı birimler, Kontrol Genel Müdürlüğü, Dış Antlaşmalar Genel Müdürlüğü, (1975 de kurulmasına rağmen fiilen oluşturulamaması nedeniyle) 1981 yılında yapılan düzenlemeyle Tasfiye Genel Müdürlüğü kurulmuş ve keza, Gümrük Muhafaza Müdürlüğü ile Zat ve Sicil İşleri Müdürlüğü Genel Müdürlük düzeyine yükseltilmiş, Gümrükler Muhafaza Genel Müdürlüğü ile Personel ve Eğitim Genel Müdürlüğü ihdas olunmuştur.

Diğer taraftan, bu dönemde günün ekonomik şartlarından kaynaklanan gereklilik nedeniyle yeni bir gümrük kanunu çalışmalarına başlanmış ve hazırlanan tasarı 1962 yılında yasama organına gönderilmiş, ancak, tasarı o günlerde kanunlaşamamış, daha sonra yapılan değişikliklerle yeni bir tasarı halinde yasama organına gidilmiş ve tasarı kanunlaşmıştır. Hazırlanan ve halen yürürlükte bulunan 19 Temmuz 1972 tarihli l615 sayılı Gümrük Kanunu, 1 Şubat 1973 tarihinde uygulamaya konulmuştur.

Bu yasa, gümrük vergisi yükümlüsünün, gümrük hattından eşya geçiren gerçek veya tüzel kişi olduğunu, gümrük vergisinin matrahının, eşyanın satış bedeli bulunduğunu, vergiyi doğuran olayın, vergiye tabi malları Türkiye Cumhuriyeti gümrük hattından geçirmek üzere gümrük idarelerine yapılan beyanın teşkil ettiğini öngörmektedir.

Gümrük vergisi, mal gümrük hattını geçmeden tahsil edilir. Ayrıca, Türkiye'ye kesin olarak girecek ticari eşya için yazılı beyan zorunluluğu vardır ve bu beyan, gümrük tarife cetvelinin düzenlemesine uygun olarak gümrük beyannamesiyle yapılır. Diğer taraftan, gümrük vergisi oranları Gümrük Tarife Cetveli'nde belirtilmiştir. Öte yandan, Cumhuriyet döneminde teşkilatın yapısı bir değişiklik daha göstemiştir.

1931 yılında kurulduktan sonraki dönemde, kaçakçılık olaylarında artışlar görülmesi ile diğer bazı hususlar yönünden yapılan eleştiriler nedeniyle, gümrük idareleri ile tekel idare ve işletmelerinde incelemelerde bulunması için, Başbakanlıkca görevlendirilen İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesi öğretim üyelerinden Ord.Prof.Dr.Alfred İSAAC tarafından, 1949 tarihinde Başbakanlığa sunulan raporda, hakkında, ülkemizin bünyesine en uygun bakanlıklardan birisi olduğu ve uygulamada görülen aksaklıkların ise, esasta değil teferruatta bulunduğu belirtilen Gümrük ve Tekel Bakanlığı 1983 senesinde kaldırılmış, 13.12.1983 günlü 178 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Maliye ve Gümrük Bakanlığı kurulmuş ve Gümrük ve Tekel Bakanlığı'nın merkez ve taşra teşkilatı da yeni kurulan bu Bakanlığın bünyesi içinde aynen yer almıştır.

Ancak, o tarihte Tekel Genel Müdürlüğü de KİT haline dönüştürüldüğünden, Çay Kurumu Genel Müdürlüğü ile birlikte Maliye ve Gümrük Bakanlığı'nın teşkilat yapısında, Bakanlığın bağlı kuruluşu haline gelmişlerdir. Gümrük ve Tekel Bakanlığı bünyesinde iken Genel Müdürlük olarak organize edilmiş olan Tasfiye Genel Müdürlüğü de, Maliye ve Gümrük Bakanlığı teşkilatında, önce merkezde Tasfiye Dairesi Başkanlığı olarak düzenlenmiş, daha sonra da 16.5.1984 tarihli 3007 sayılı Kanunla Tasfiye İşleri Döner Sermaye İşletmeleri Genel Müdürlüğü kurulmuştur.

Tarihi gelişimi içinde, 1983 yılında Maliye Bakanlığı ile birleştirilen ve bir anlamda tekrar Maliye Bakanlığı'na bağlanmış olan Gümrük Teşkilatı'nın bu yapısı 1993 senesine kadar sürmüş, 2.7.1993 günlü 485 sayılı "Gümrük Müsteşarlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname" ile gümrükler, tekrar Maliye Bakanlığı'ndan ayrılarak, Başbakanlığa bağlı bir Müsteşarlık olarak organize edilmişlerdir.

Bilahare, 7.9.1993 günlü 521 sayılı ve 19.6.1994 günlü 541 sayılı Kanun Hükmünde Kararnemeler ile değişikliklere uğrayan, 2.7.1993 günlü 485 sayılı "Gümrük Müsteşarlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkındaki Kanun Hükmünde Kararname"nin;

"Amaç" başlığı altındaki 1 inci maddesi, "Bu Kanun Hükmünde Kararnamenin amacı, Gümrük ve Gümrük Muhafaza hizmetlerini düzenlemek ve yürütmek, kaçakçılık fiil ve teşebbüsleri ile mücadele etmek üzere, Başbakanlığa bağlı Gümrük Müsteşarlığının kurulmasına, teşkilat ve görevlerine ilişkin esasları düzenlemektir. Başbakan, bu teşkilatın yönetimi ile ilgili yetkilerini gerekli gördüğü takdirde Devlet Bakanı vasıtasıyla kullanabilir.";

"Görev" başlığı altındaki 2 nci maddesi, "Gümrük Müsteşarlığının görevleri şunlardır. a) Gümrük politikasının hazırlanmasına yardımcı olmak, gümrük politikasını uygulamak, b) Gümrük Kanunu ve gümrüklerle ilgili diğer mevzuat ile uluslararası sözleşmeler hükümlerinin uygulanmasını sağlamak, c) Gümrük tarife oranlarının tesbitine yardımcı olmak, gümrük vergileri ile gümrüklerce alınan diğer gelirler ve fonların tarhı, tahakkuk ve tahsilini sağlamak ve kontrol etmek, d) Gümrük kontroluna tabi kişi eşya ve araçların muayene ve kontrolunu yapmak, bu işlemlerin etkin ve süratli yapılmasını sağlıyacak tedbirleri almak, e) Gümrüklerle ilgili istatistiki bilgileri toplamak ve değerlendirmek, f) Gümrük denetimine tabi eşya ve araçların muhafazasını sağlamak, gümrükte giriş ve çıkış işlemlerine tabi eşyanın, saptanmış olan norm ve standartlara uygunluğunu denetlemek, g) Kara hudutlarındaki gümrük kapıları ile pasavan kapılarında, gümrük teşkilatı bulunan hava ve deniz limanlarında ve serbest bölge ve çeşitli antrepo ve iç gümrük sahalarında ve gümrük bölgelerinde gümrük muhafaza görevleri ile kaçakçılığın men., takip ve tahkik görevlerini yerine getirmek, h) Diğer yer ve sahalarda da gerektiğinde ilgili kuruluşlarla işbirliği yaparak kaçakçılığı men, takip ve tahkik etmek, i) Milletlerarası kuruluşların Müsteşarlık hizmetlerine ilişkin çalışmalarını takip etmek, bu konularda görüş oluşturmak yurtdışı ve yurtiçi faaliyetleri yürütmek, j) Çeşitli kanunlarla Müsteşarlığa verilen görevleri yapmak, k) Bu görevleri yerine getirecek meslek memurlarını yetiştirmek, ve bu konudaki düzenlemeleri yapmak, l) Yukarıdaki görevlerin uygulanmasını takip etmek, değerlendirmek, incelemek ve denetlemek."; hükmünü öngörmektedir.

Anılan Kanun Hükmünde Kararnamenin 6 ncı maddesine göre, Müsteşarlığın ana hizmet birimleri Gümrükler Genel Müdürlüğü, Gümrükler Muhafaza Genel Müdürlüğü, Gümrükler Kontrol Genel Müdürlüğü ve Avrupa Topluluğu ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü'nden; 11 inci maddesine göre Danışma ve Denetim Birimleri, Teftiş Kurulu Başkanlığı, Araştırma, Planlama ve Koordinasyon Dairesi Başkanlığı, Hukuk Müşavirliği ve Müsteşarlık Müşavirlerinden ve Yardımcı Birimler de, Personel Dairesi Başkanlığı, Eğitim Dairesi Başkanlığı, İdari ve Mali İşler Dairesi Başkanlığı, Muhabere ve Elektronik Dairesi Başkanlığı ile Savunma Uzmanlığından oluşmaktadır.

Gümrük Teşkilatı ayrılıp, Başbakanlık Gümrük Müsteşarlığı kurulurken, başlangıçta Gümrük ve Tekel Bakanlığı'ndan, Maliye ve Gümrük Bakanlığı'na intikal eden ve asli görevi gümrüklerde tasfiyelik hale gelmiş eşyanın tasfiyesini sağlamak olan ve bu arada gümrük sundurma işletmeciliği de yapan Tasfiye İşleri Döner Sermaye İşletmeleri Genel Müdürlüğü, Maliye Bakanlığı'na bağlı olarak kalmış, Tekel Genel Müdürlüğü ile Çay İşletmeleri Genel Müdürlüğü de KİT statüsünde Başbakanlığa bağlı hale getirilmişlerdir.

Cumhuriyet döneminde gümrüklerce tahsil edilen vergilere baktığımızda, zaman içinde oldukça değişim gösterdiğini görüyoruz. Gümrüklerce tahsil edilen vergilerin tamamına "gümrük vergileri" denilmektedir. "Gümrük vergisi" de bu tanıma dahildir. İthalatta alınan vergi ve resimlerin en belirgini gümrük vergisidir. Gümrük vergisinin dayanağı Gümrük Kanunudur. Bunun yanında, kendi özel kanunlarına ve çeşitli matrahlara göre "İstihsal Vergisi", "Rıhtım Resmi" (Ulaştırma Alt Yapıları Resmi), "Damga Resmi", "Belediye Hissesi" ve "Fon"lar ithalatta zaman içinde tahsil edilegelmiş, bunlardan 6802 sayılı Kanuna istinaden tahsil edilen İstihsal Vergisi, 25.10.1984 tarihli 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu ile 1.1.1985 tarihinden geçerli olmak üzere kaldırılmış, yerine aynı tarihten geçerli olmak üzere "İthalatta Alınan Katma Değer Vergisi" konmuş, 25.6.1992 tarihli 3824 sayılı Kanunla da, 827 sayılı Kanuna müstenit "Ulaştırma Alt Yapıları Resmi", 2380 sayılı Kanuna dayalı "Belediye Hissesi" ve 3675 sayılı Kanuna istinaden tahsil edilen "İthalde Alınan Damga Resmi" yürürlükten kaldırılmıştır.

Halen, ithal eşyası sadece gümrük vergisi ve katma değer vergisine tabi tutulmakta, tarım ürünleri gibi bir kısım mallarda da bunlara ilaveten fon tahsil edilmektedir. Bu dönemde, ihracat vergisi uygulamasına son verilmiştir. İhracatta bazı yerli mahsullerin ihracına uygulanan fon dışında herhangi bir vergi bulunmamaktadır.

Cumhuriyet döneminde ve yakın tarihte Teşkilatımız açısından gerçekleştirilen en önemli çalışmalardan birisi de, Avrupa Topluluğu ile Türkiye arasında sağlanan "Gümrük Birliği" konusunda olmuştur.

Türkiye ile -o zamanki ismiyle- Avrupa Ekınomik Topluluğu arasında 1.12.1964 tarihinde yürürlüğe giren Ankara Anlaşması ile başlayan, 23.11.1970 tarihinde imzalanan ve 1.1.1973 tarihinde yürürlüğe giren Katma Protokol'le devam eden bir sürecin sonucu olarak, Türkiye-Avrupa Topluluğu 36 ncı Ortaklık Konseyi'nin 6.3.1995 günlü Kararı ile 1.1.1996 tarihinde başlamak üzere taraflar arasında bir "Gümrük Birliği" tesisi öngörülmüştür.

İki veya daha fazla ülkenin bir araya gelerek, kendi toprakları arasında malların serbest dolaşımını sağlamaları, gümrük vergilerini karşılıklı kaldırmaları ve üçüncü ülkelere karşı aynı gümrük vergilerini uygulamaları anlamına gelen gümrük birliği nedeniyle, Türk gümrük mevzuatının Avrupa Birliği mevzuatına yakınlaştırılması gerekiyordu. Başlatılan ve sonuçlandırılan çalışmalar sonucu bu uyum sağlanarak mevzuatımıza yansıtılmış ve öngörülen 1.1.1996 tarihinde Gümrük Birliği uygulamaları Türk gümrüklerinde başlatılmıştır.