Bilim pek çok soruya yanıt bulmamıza olanak sağlıyor ancak bazı alanlarda filozofların yüzyıllardır cevabını aradığı bazı sorular var.1- Neden hiçlik yerine bir şeyler var?
Bu soruyu sadece insanlar için düşündüğümüzde "Varoluş amacımız nedir?" noktasına geliyoruz. Daha geniş baktığımızda ise; "Gezegenler, galaksiler, evren neden var? Bir amaca hizmet ediyor mu? Neden bu kadar net fizik kurallarıyla yönetilen bir evrende yaşıyoruz ve bu kuralların tam olarak böyle olmasının bir sebebi var mı?" diye düşünmeye başlıyoruz. Sean Carroll "Modern fizik neden başka kurallarla değil de bu kurallarla yaşadığımızı açıklamıyor." diyor. Filozoflar ise bu soruyu antropik ilke ile yanıtlamaya çalışıyor. Yani içinde bulunduğumuz evren biz böyle olduğumuz ve onu böyle gözlemlediğimiz için bu şekilde var olmaya devam ediyor. Bu cevap iç rahatlatmanın aksine durumu daha da karmaşık hale getiriyor.
2- İçinde yaşadığımız evren gerçek mi?
Bu klasik Kartezyen soru aslında etrafımızda gördüğümüz şeylerin gerçek mi yoksa görmediğimiz bir güç tarafından yönetilen bir illüzyon mu olduğunu nasıl algılayabileceğimizi sorar. Örneğin Matrix filminde olduğu gibi aslında bir bilgisayar programı içinde yaşayan simülasyonlar olup olmadığımızı nasıl anlarız? Daha da derinleştirecek olursak, içinde yaşadığımız uygarlığın simülasyon içindeki başka bir simülasyon olup olmadığını nasıl anlayabiliriz? Bunları anlamaya çalışırken aslında olduğunu düşündüğümüz kişi olmadığımızı da aklımızdan çıkarmamamız gerekiyor. Simülasyonu yöneten kişiler de eğer aramızda bulunuyorsa, gerçeklik algımızı yükseltmek için bizim asıl kimliklerimizi bastırıyor olabilirler. Modal realistler çevremizdeki şeyler mantıklı görünüyorsa (yani rüya gibi, anlaşılmaz ya da kuralsız değilse) onu gerçek olarak kabul etmemiz gerektiğini öne sürüyor. Ya da belki de Matrix'te Cipher karakterinin dediği gibi, "Cehalet mutluluktur."
3- Özgür irademiz var mı?
Determinizm ikilemi olarak da bilinen bu soru, eylemlerimizin geçmişte gerçekleşmiş bir eylemler zincirinin bir sonucu mu olduğu yoksa tamamen özgür bireyler olarak mı karar verdiğimizi sorguluyor. Filozoflar ve bazı bilimciler binlerce yıldır bu soruyu kendilerine soruyor ve yakın zamanda bir cevap bulunabilecek gibi de durmuyor. Eğer hareketlerimiz gerçekten geçmiş olayların bir sonucu ise deterministler haklı ve bir özgür irademiz yok demektir. Öte yandan liberteryenler özgür iradenin determinizm ile çatışmak zorunda olmadığını savunuyorlar. Nöroloji bilimine göre beynimiz bazen biz farkında bile olmadan kararlar alıyor ve biz o kararlara uyuyoruz. Kuantum mekaniklerine göre ise bir olasılıklar evreninde yaşıyoruz. Dolayısıyla herhangi bir şekilde determinizm mümkün değil.
Eğer atomlar ve parçacıklar olasılıksal yöntemlere göre hareket ediyorsa ve bizim zihnimiz de atomlar ve parçacıklardan oluşmuşsa özgür irade nasıl var olabilir?
4- Tanrı var mı?
Basitçe ifade edecek olursak, tanrı var mı yok mu bilemeyiz. Hem ateistler hem de inançlı kimseler bu sorunun cevabını bildiklerini iddia etseler de neticede elimizde olan bilgiler agnostiklerin haklı olduğunu gösteriyor. Şu anda evreni birisinin yönetip yönetmediğine dair büyük iddialarda bulunabilecek kadar evrenin iç yapısına hakim değiliz. Pek çok deist ise evrenin önceden belirlenmiş kurallar çerçevesinde kendi kendine hareket ettiğini iddia ediyor. Bu kuralların sebebi yukarıda bahsettiğimiz simülasyon olabilir. Bir tanrı gerçekten varsa bu semavi dinlerde belirtildiği gibi her şeyi gören ve bilen bir varlık da olmayabilir. Simülasyonu oluşturan bir grup uzaylı tarafından da yönetiliyor olabiliriz. Yine de bunların bilimsel sorular değil Platon'un yaptığına benzer düşünce deneyleri olduğunu unutmamak gerek.
5- Ölümden sonra yaşam var mı?
Ölülerle konuşamadığımız için bu soruya da net bir cevap bulabilmemiz mümkün değil. Materyalistlere göre vücut ölünce hayat da biter. Ancak bu da kanıtlanabilir bir durum değil. Hem klasik Newton/Einstein bakış açısıyla hem de kuantum mekanikleriyle değerlendirdiğimizde bu evrende (ya da evrenlerde) sadece tek bir kez yaşayabilmemizi gerektiren bir sınır yok. Bu durum sadece cennet ya da cehennemi değil reenkarnasyonu da denklemin içine sokuyor. Hans Moravec evrenin gözlemlenmemesinin mümkün olmadığını bu sebeple hayatın sonsuz bir döngü içerisinde sürekli evreni gözlemleyen canlılardan oluşması gerektiğini öne sürüyor.
6- Herhangi bir konuyu objektif olarak algılamak mümkün müdür?
Çevremizde olan biteni sadece kendi duyu organlarımız ve beynimiz ile algıladığımız için algıladığımız hiçbir şeyin bizim fikirlerimizden bağımsız olmasının mümkün olmadığı dolayısıyla objektivitenin sadece bir kavram olarak var olduğu düşünülüyor. Tamamen objektif olmanın başka bir varlığın bedeninden çevremize bakmamızla mümkün olabileceği düşüncesi de oldukça popüler ancak bunu yakın zamanda başarabilecekmişiz gibi durmuyor.
7- En iyi ahlaki sistem hangisidir?
Neyin doğru neyin yanlış olduğuna hiçbir zaman tam olarak karar veremeyeceğiz. Tarihin her döneminde filozoflar, din bilimciler ve politikacılar insanların nasıl davranarak en doğru şekilde yaşayacağını bulduklarını iddia etmişlerdir. Ancak bu hiçbir zaman o kadar kolay olmadı. Hayat kesin etik kuralları yerleştirmek için fazla karmaşık. Altın Kural (kendine nasıl davranılmasını istiyorsan başkalarına o şekilde davran) genel olarak kabul görüyor ancak ahlaki otonomiyi gözardı ediyor ve adaletin ceza vermesine imkan bırakmıyor. Ayrıca tek bir kural karmaşık durumları çözmeye yardımcı olmuyor. Örneğin çoğunluğun yararı için bazılarının zarar görmesi doğru mudur? Ya da yetişkin bir goril mi ahlaken daha değerlidir yoksa bir insan bebeği mi? Şu anda tek söyleyebileceğimiz doğru ve yanlış algımızın sabit olmadığı ve zamana göre değişebildiğidir.
8 – Rakamlar tam olarak nedir?
Rakamları her gün kullanıyoruz ama bir geri çekilip baktığımızda tam olarak ne olduklarını algılayıp tanımını yapabiliyor muyuz? Bize evreni anlamlandırma konusunda bile bu kadar destek olan rakamlar gerçekten var olan şeyler midir yoksa insanların uydurması mıdır? Platon'a göre rakamları göremesek de onlar gerçektir ancak formalistlere göre rakamlar sadece matematik tabanlı, iyi tanımlanmış soyut yapılardır. 
